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南洋秩序就先這樣初步確定下來，而其他的事情，比如中國和南洋各國之間的政治軍事合作、發生爭端怎樣解決，經濟來往、關稅、貨幣兌換等等事務，則就要招集南洋各國一起協商確定。當然這個秩序是中國單方面確定下來，至於南洋各國的態度，是否贊同中國提出的這個主張，則被南京內閣直接無視掉。能夠承認他們現有的土地就不錯了，估計也不會有那個國家不知趣，敢拒絕中國的要求。
這些是針對南洋各國的規則，而針對中國在南洋的利益，將南洋地區劃分成三個總督區，每個區設立總督府進行管理，毎一個總督府的權力都和以前的呂宋總督相似，總督將由南京內閣指任，但擁有很大的行政自主權，可以自行組織行政機構、官員、軍隊、關稅制度，但所有費用都由總督府自行承擔，而且每年都需要向國內上交一筆稅收費用。
而三個總督區分別爲：婆夷州區，包括加里曼丹島、蘇拉威西島、馬魯古羣島，總督府設在蘇卡達納；爪哇區，包括爪哇島、爪哇羣島、東帝汶羣島，總督府設在巴達維亞；金州區，包括蘇門達臘島，馬來半島等地區，總督府設在馬六甲。這樣一來，也就確立了中國在南洋地區的實際控制權。同時商毅也下令，將南洋艦隊一分爲二，分駐廣州和馬尼拉，以維持中國在南洋地區的軍事力量。
另外也規定,每一個總督區在年滿五年之後，可以向國內申請建省，正式併入國內。
隨後內閣又連續發佈了三個法案：［南洋移民法案］、［南洋土地開發法案］、［海外島嶼認領法案］。
［南洋移民法案］規定：願意移民呂宋以及南洋其他地區的百姓，以戶爲單位，按每戶移民的人口數量，成人可以分配一百五十畝土地，並得到一百五十銀元的補足，而未成年人也可分到五十畝土地，五十銀元的補足，免費發給農耕用具和耕牛，並且免除三年的田稅，但移民之後，在國內的戶籍將取消，而且所分得的土地不許買賣，耕作三年之後，按國內的標準收取田稅，五年之後土地歸該戶所有，可以由各戶自行分配，買賣。
［南洋土地開發法案］規定：只要是中國的居民，就可以自行認領，所有中國所屬的南洋地區空置土地，進行開發耕種，認領數量不限，但在認領之後，就要按照土地的數量，向中國政府交納稅收，在領認之後，土地也不得轉讓、買賣。政府將對認領土地實行保護，並可以使用在南洋戰爭中抓獲的俘虜，做爲開荒耕種的勞動力。在開發六年，並交納了六年的稅收之後，土地的所有權歸認領人所有，可以自行分配，買賣。
