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三，把佛教當作宗教領域的防波堤，用以阻止基督教，因爲幕府認爲基督教是企圖侵略東洋的西方列強的先遣部隊。
幕府的這些方針顯然符合佛教界的利益，從而得到積極響應，其結果就是江戶時代的佛教界沒有出現過巨大的紛爭，大家都遵循幕府的旨意操持業務，維持着穩定的發展。
佛教在江戶時代與幕府共生的關係中產生了一些重要制度一直延續至今。
一，本山末制度。
根據幕府的意向，在佛教各宗派內給寺廟定級，設定分級指揮命令體系，現在東洋各宗派內常見的以‘本山’爲頂點的金字塔結構就始於此時。
這麼一來，幕府對佛教的管理就極爲輕鬆。
在印度，佛陀創立的原始佛教中，所有僧伽都處於平等地位，並未設定上下級關係。但是東洋佛教因江戶時代新制度的確立，對所有寺廟都進行了嚴格定級，寺廟所屬的僧人也有了個人的身份定級，佛教界內部新的身份歧視結構逐漸固定下來。
二，檀家制度。
制定所有國民必須以家庭爲單位，成爲某個寺廟檀家（成員）的制度，由此幕府對國民的動向做到了極其細緻的程度，細緻到個人層面上的完全把控和管理，出生、死亡、結婚、旅行、搬遷等個人信息全都彙集到寺廟。
如此一來，對幕府而言，佛教寺廟就成了維繫政權必不可缺的管理機構而受到重視。這個制度是以家庭爲最小單位，所以個人不能由着自己的喜好來選擇信奉的寺廟，只能成爲自己家庭世代隸屬的那個寺廟的信徒。”
