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真正的最高軍職爲朝廷“三衙”長官，即殿前司、侍衛馬軍司、侍衛步軍司的“都指揮使”，往往只掛有個四、五品的官銜。而且明確文官可以管轄武官，而武官絕不得管轄文官。在品級比自己高的文官面前，武官只好俯首聽命。
遼、西夏、金、元幾個少數民族皇朝統治時期，一般都在沿用中原皇朝種種武官名號同時，保持本部族的特色。比如女真族建立的金朝，沿用了唐宋以來的都點檢、都指揮使、種種將軍名號，明確殿前都點檢爲正三品，都指揮使爲從三品，以下的左、右衛將軍等等各有品級.在各要害地設置統管軍民的總管，正三品；或設軍鎮，設節度使，從三品。而部族軍隊則仍然以猛安、謀克來指揮。
元代最高軍事統帥機構樞密院大多由武官來擔任樞密使、副使，可以稱之爲最高級別武官，爲從一品。指揮朝廷各衛的都指揮使、以及各地的蒙古軍“萬戶”、都指揮使都爲正三品，“千戶”爲正五品，“百戶”爲正七品。同時也沿襲前代將軍、校尉之類的名號，作爲武散官給武官加銜。
明朝以武立國，但接受宋代教訓，沒有采用以文抑武的政策，相反大幅度提高武官級別，而且明太祖朱元璋還明確規定文臣不得封公侯，最高只能封伯爵。設置最高軍事機構爲中軍、左軍、右軍、前軍、後軍五都督府，每府左、右都督，都是正一品；副手都督同知，從一品，都督僉事，正二品。朝廷各衛的指揮使都是正三品，各省的軍事長官都指揮使爲正二品，要高於本省的行政長官布政使（從二品）。地方各衛的指揮使也是三品官，千戶所的千戶爲正五品，百戶所的百戶爲正六品，都遠高於知縣（正七品）。小說《金瓶梅》中惡霸西門慶後來弄到一個“千戶”的軍銜，縣官見了他也要敬禮。這樣明代成爲歷史上武官級別最高的朝代之一。
不過和歷代一樣，這套武官系列到了明中期後就運轉不靈，朝廷陸續在各地設置“總兵”作爲某一部隊的總指揮，以下也不再按照原來的序列任命軍官，而是另行委派參將、遊擊、守備等中級軍官作爲基層部隊的指揮官。另行委派千總、把總之類名目的軍官來組織指揮小部隊。而在這些武官之上具有戰區指揮權的卻往往是朝廷派出的文官擔任的“提督”、“總督”、“經略”。
清朝入關後，八旗兵軍官序列相當高，各旗都統爲從一品，各地駐防八旗的將軍也是從一品（原爲正一品，乾隆時期改爲從一品）。具有指揮某城八旗全權的副都統，爲正二品。以下有總管（正三品）、副總管（正五品）、城守尉（正三品）、防守尉（正四品）、參領和協領（從三品）。綠營兵軍官序列則沿襲明末慣例，以提督（從一品）爲最高級別軍官，以下爲總兵（正二品），副將（正三品），以及參將（正三品）、遊擊（從三品）、都司（正四品）、守備（正五品）等級別軍官，基層軍官“千總”（從六品），“把總”（正七品），級別也很高。
總的來說武官的級別與明代相當，但是比較注意協調與文官序列的地方行政官員的級別關係，一般儘量做到平級。也和明代一樣，清朝統治者一般儘量避免委派武官爲一個大的戰區的指揮官，而是習慣於從朝廷派出文官來指揮戰區或軍區。
清初已形成慣例，幾個省組成的大軍區由掛朝廷右都御史銜的總督（從一品）來指揮，省軍區則由掛朝廷兵部右侍郎銜的巡撫（正二品）來指揮。理論上而言，總督與提督平級，巡撫與總兵平級，但實際上這些武官見了總督、巡撫都要下跪行參見禮。即使在地方也是如此，把總見平級的知縣，也不可平禮。
